《天妃娘媽傳》的故事情節由兩條主線交織而成。一條是天妃出身濟世,主要素材源自民間傳説,另一條主線是講述漢明帝時有猴、鱷二精分別於西北和東南作亂,妄圖顛覆國家,而天妃助其兄林二郎收伏猴精,天妃也因此得到欶封御祭;然後,天妃又親自收伏為害東南海域的鱷精,從而徹底清除了危及國家安全的北南兩大禍患。小説在媽祖形象的塑造上,採取歷史的分化和傳説的演變的方法,對歷史記載和傳説故事進行昇華、整合,突顯媽祖護國庇民的功績,吸取宋元小説話本的藝術精華,運用生動的語言,藉助環境的烘托,塑造了一位女神形象。
書敍北天妙極星君之女玄真,慈悲為懷,立誓擒拿逃往凡間作惡的猴、鱷二妖,以救生靈。漢明帝時託生於福建莆田縣林長者家為其女。既長大成人,求親者不絕。玄真一心向道,堅辭不允。終於自日化身,飛往湄州。猴精自逃脱天網,至下界作亂,害及黎民,又助番王,興兵入侵,大敗漢軍。漢君臣惶恐無奈,出榜招納賢能術士。玄真之兄林二郎被召。臨行前玄真教以陣戰之法,授以經咒秘訣,又贈火旗一面,風扇一把,神馬一匹。其後,玄真助兄征戰,先至鄱陽湖收龜精,又至大同與妖猴鬥,將其擒獲斬死。番王遂進貢稱臣,林二郎奏凱回朝。漢帝知玄真之功,敕封為“護國庇民天妃林氏娘娘”。林女謝恩歸來,在揚子江收白蛇與鰍精,歸莆田斬殺雞精。鱷精為害東洋,又助龍王將其收伏。南海觀音奏明上帝,林長者夫婦、二郎俱得白日飛昇。
小説借用漢明帝形象,大有暗喻明代之意。漢明帝時期年號為“永平”,與明“永樂”年號僅一字之差,易讓人產生聯想與比較。史實中的明帝勤於政事、吏治嚴苛,所以在其統治時期境內安定和諧,國家經濟也呈現繁榮昌盛之貌。吳還初在歷史事實的基礎上,對明帝統治時期的社會生活進行了重新加工,其高超的藝術手法將時代癥結以及暴露的一系列社會問題全部納入小説之中,並以歷史事實與現實生活相結合的思維方式表現出來。如在第十二回“弱水國造計獻車”中,明帝向羣臣發問:“聯生長深宮,目不睹間閻之情狀;高拱九重,耳不聞四海之內危。所時以宣上德造一情者,非卿等何以?但未知今雨若與往年穀登與?國運大與?民生安與?抑亦聯失德與?政不節與?民生困與?四夷叛與?卿何不封事上聞,使聯知,有則改之,無則加勉。”這一連串的反問句將明帝對種種社會現象的關心與擔憂敍寫得淋漓盡致,窮極筆力。而作者真正的現實生活背景卻是碌碌無為的明神宗從不關心國家大事,更不過問民生,面對外敵入侵採取姑息縱容之策的淒涼場面。又如在小蠻來朝獻異時,羣臣畏畏縮縮之狀,令明帝倍感心寒:“卿為天下而立寡人,寡人為天下而置卿,高爵以榮之,厚祿以養之,拔之眾庶之中,而置之羣僚之上……而真是真非之見,了無一主。不其負己,負君負位。今小蠻知之,以謂中國無復有賢人,是生戒心者矣。寡人為卿恥之。”這一“寡遐荒;獸舞鳳儀,漠烈重光於累葉。百靈協應,政致治於無虞;四夷鹹服,每蓄威於不戰。”此則描述概括説明了漢明帝統治時期政治清明的社會現狀,同時折射出鄭和下西洋時永樂盛世的面貌。又如在“西番數寇我國邊境”問題上,二郎劉李將軍的“片甲不許生還”的觀點表示了不同的看法:“華夷類異而性同,中國有聖人,蠻夷迴心而向化。”這裏所指的“蠻夷迴心而同化”,實是明永樂帝派遣鄭和下西洋時所定國策,即以中國先進的科學文化技術去影響和改變夷人的落後面貌,進而使其嚮往、歸順中國的策略。
由此可見,吳還初借用個人感觸與國家人民的痛苦二者膠漆般密不可分的關係,尤為充分地表達了人民對盛世的渴望,並用充滿着個人和時代的血淚對醜陋的現實大加抨擊。