《後水滸傳》將北宋末年宋江起義與南宋初年楊幺起義聯繫起來,給人以鮮明的啓示:只要專制制度不除,民眾的反抗即不止。小説承《水滸傳》餘緒,對好漢反暴政一面用筆頗多,但反暴政與俠客行俠不盡相同,其成就缺陷與《水滸後傳》頗為相似,對於“俠義精神”和江湖行俠表現不多。
小説敍述燕青重遊梁山時,遇到羅真人,告知昔日梁山好漢都已轉生入世。金兵入寇,農民養奎剛孿生子“妖兒”“魔兒”失散後分別由楊得星和遼將王突收養。“妖兒”改名楊幺,因衝撞賀太尉被充軍,楊幺在途中結識了許多草莽豪傑。“魔兒”已改名王摩,武藝超羣,曾與眾英雄劫搶秦檜的贓銀。楊幺遇赦,為救許蕙娘夜鬧東京,袁武等英雄大鬧開封府,解救楊幺。楊幺探望父母並欲替父母服刑,眾草莽英雄搶救楊幺脱險,各路豪傑齊至洞庭湖君山聚義,楊幺、王摩被舉為大頭領。此後,楊幺四處征戰,誅殺惡官,聲勢日盛。楊幺等曾入臨安苦諫宋高宗,但因誤殺入秦檜府第,秦檜哭請高宗發兵圍剿洞庭。楊幺等人在山寨得天書,方知楊幺前生是宋江,王摩前生是盧俊義。岳飛率軍大勝楊幺,楊幺等遁入軒轅井,化為黑氣,不再復出。
從作品的結構看,以宋江等梁山好漢轉生為楊幺的洞庭英雄,是全書立意的基礎,利用消極的輪迴轉生説,為一個積極的主題服務——英雄的鬥爭精神不息,是作者的一大創造。在鋪敍情節和刻畫人物時,不僅突顯處處與水滸精神相呼應,同時也是思想認識的深化。書中謳歌了洞庭湖上反抗南宋統治階級的波爛壯闊的鬥爭,同時也避免寫出反抗者慘遭殺戮的失敗命運,讓楊幺等英雄通過軒轅井昇天而去,預示着鬥爭將永遠繼續下去,不會熄滅。
作者明顯是借南宋初年的歷史,影射明末清初的社會現實。一方面表達對現實中滿清統治的不滿,如書中對金人是絕對反抗和仇視的;一方面對水滸英雄因招安而遭到迫害表示憤懣,故書中不提或反對招安;同時表達了追求明君賢相的政治理想,體現了明末清初羣眾的複雜心理。楊幺等英雄迴歸昇天,以完劫數的結局,是市民心態的反映。
小説亦善於用詩詞表現人物、風光、場景。如用詩詞寫李逵式的人物馬霳的外貌,與性格、品質,十分到位:頭大面圓,一塊額顱橫突出;身長力大,兩雙怪眼直睜圓。鼻孔撩天,氣出有如煙管;洪聲震地,行動實類奔牛。一張闊嘴,上下齒牙皆獨骨;兩個硬拳,左右手腕是一棍。 性烈拔山扛鼎,交情誓死同生。一昧言憨性直,不知者盡道瘋顛;滿腔義重情真,知我者俱稱俠漢。喜結弟兄並酒肉,舍此無他好;仇恨奸佞與貪夫,以外皆平等。上關氣數降星辰,下報前冤生惡煞。