《孽海花》講同治年間,蘇州名流陸如、潘勝芝、錢唐卿等在雅聚園談論國運科舉,品評人物。顧肇廷、何珏齋在梁聘珠家為陸如餞行,邀眾人回去赴宴。新科狀元金雯青受薛淑雲邀請也來聚會。席間眾人議論風土,都講西洋學問,雯青茫然無措、暗暗慚愧。時光如水,雯青、陸如經過了端陽,結伴回蘇州。唐卿、珏齋、公坊相約而來,飲酒敍談。雯青舊識京師名妓傅珍珠,後嫁給龔章班為妾。孝琪的父親與明善的福晉西林春有私情,事發後被毒死,孝琪懷恨在心,投靠英國領事,據説火燒圓明園就是他的主意。後來孝琪落魄潦倒。過了兩年,陸如也中狀元。公坊考了兩次未中。雯青為他捐了個禮部郎中。
雯青大考中名列一等,不久做了江西學政。公坊也中了進士,但他知道自己不是官場中人物,也南歸過逍遙自在的生活。江西巡撫達興是個紈絝官僚,他拉攏雯青,雯青顧及同僚面子,勉強敷衍。一日達興請雯青觀苗女繩上歌舞,雯青大飽耳目之福。到了秋天,雯青華船遊覽江景,遇到祝寶廷。寶廷做浙江學政,因與船女的風流韻事成為話柄,不久革職,正好攜船女北歸,兩人不免暢飲一番。雯青忽聞母親病逝,急忙問鄉奔喪。一年後清明節,勝芝、效亭等邀請雯青出外散心,同僚次芳引來花榜狀元傅彩雲。兩人一見傾心。自此,雯青無日不來彩雲的大郎巷。
光陰如梭,雯青滿了服,回到京城。恰好朝廷選派雯青出使德、俄等國。雯青回鄉,擇吉日將彩雲娶過門。到了德國,雯青覲見了德皇,不想彩雲也要覲見。逢德皇身體不適,赴俄的日子便耽擱了。彩雲有興,跳舞聚會遊玩得很快樂。就在彩雲見德皇的第二天,俄國畫家畢葉來找雯青,向他出售一張中俄界圖。雯青為整理國界,也為自己的《元史補正》找確實證據,便出八百英鎊買下。
《孽海花》所表現的30年曆史內容,亦即同治中期至光緒後期這一特定歷史階段政治和文化的變遷史。《修改後要説的幾句話》曾雲:“這書主幹的意義,只為我看着這30年,是我中國由舊到新的一個大轉關,一方面文化的推移,一方面政治的變動,可驚可喜的現象,都在這時期內飛也似的進行。我就想把這些現象,合攏了它的側影或遠景和相連繫的一些細節事,收攝在我筆頭的攝影機上,叫它自然地一幕一幕地展現,印象上不啻目擊了大事的全景一般。”
就政治演變而言,小説以同治中後期為背景,或隱或現地表現了光緒前、中期一系列重大事件的發展歷程:從中法戰爭到中俄領土爭端;從甲午海戰到台灣軍民的反抗侵略;從洋務運動到維新派興起,以至資產階級革命領導的廣州起義的失敗。