書中對堅持忠義、不畏奷邪梁山好漢的歌頌,對禍國殃民、出賣民族利益的奸佞小人進行鞭撻,表達了明代遺民對明代混亂朝政的批判,並通過樑山好漢海外立國、追思前朝的故事表達了作者反清復明的願望。《水滸後傳》在《水滸傳》的基礎上,描繪梁山舊日英雄招安後的經歷,眾好漢受壓迫奮起反抗的故事具有“俠義精神”內涵,但由於作者創作目的主要是表達家仇國恨,對於純粹的“俠義精神”和武俠江湖落墨甚少,但勝在文筆生動。
與《水滸傳》相比,《水滸後傳》更側重表現作者的民族意識,更時常流露作者作為“亡國孤臣”的悲憤與感傷心情,顯露濃郁的時代特徵。如寫燕青、柴進在吳山看四周景物,山川秀麗,宮闕參差,城內街市繁榮,柴進感嘆説:“可惜錦繡江山,只剩得東南半壁!家鄉何處?祖宗墳墓遠隔風煙。如今看起來,趙家的宗室,比柴家的子孫也差不多了。對此茫茫,只多得今日一番嘆息!”作者再現了金兵南下後“四野蕭條,萬民塗炭”的情景,也揭發了金兵虜殺良民,販賣人口的罪行;抨擊徽宗、欽宗的昏聵無能和蔡京、童貫等人的禍國殃民,頌揚了關勝、朱仝、呼延灼等人英勇反擊外來入侵者的行為,隱約流露出作者抗清復明的希望。
繼承了《水滸傳》的反抗精神,書中對金兵南下大屠殺罪行的揭露,對李綱等愛國將領堅持抗戰精神的讚揚,對徽宗、欽宗昏庸無能的譴責,對蔡京、童貫等權奸禍國殃民行徑的鞭笞等,都體現了反抗封建專制統治和民族壓迫的思想。在人物形象塑造上,作者既能照顧這些人物在《水滸傳》中的性格特徵,又寫出了他們在鬥爭中的發展變化,如李俊、阮小七、燕青等人物的性格都有發展。但總的來説,該書的思想性藝術性都不如《水滸傳》。作者並沒有按照農民起義的性質來表現水滸英雄的再次反抗,而是更多地將它寫成了忠奸鬥爭,並大肆宣揚了封建皇權思想。如李俊等立國海外之後,本來與宋朝斷絕了關係,自立一國,但他們還是要尊宋朝為正統,接受“真命天子”宋高宗的冊封。這實際上仍然是對朝廷最高統治者的妥協與投降,與宋江的受招安並無二致。
在藝術方面,《水滸後傳》雖然與《水滸傳》一樣,屬於英雄傳奇一類,但它的敍事模式發生了很大的變化,人物與故事情節不再具有鮮明的傳奇色彩,更加趨向日常生活,因此它的抒情寫意性增強了。作者有比較高的藝術修養,在描畫景物、表達感懷方面真實自然,形成情景交融的藝術境界,具有比較強的感染力。另外,小説結構完整,語言流暢生動,體現了通俗小説文人化的新的藝術素質。如第24回燕青探視被俘的宋徽宗,獻青子黃柑一節,沒有突出寫燕青身履險境的智勇,主要是寫燕青和成了階下囚的老皇帝的十分動情的對話,似極平淡,卻意藴深沉,表露出較為濃郁的感傷情緒。書中寫人物活動往往加進幾筆景物描寫,如第8回寫樂和登雨花台,第9回寫李俊太湖賞雪,第14回寫戴宗泰山觀日出,等等,都是就實地實景寫生,真切而自然,造就了情景交融的藝術效果。有些地方還進而由之引出人物的感慨、議論,以深化作品主題。這種借小説人物抒情寫意的筆法,也就使小説帶有了幾分抒情寫意性。當然,它是以犧牲英雄傳奇原有的粗獷質樸為代價的。作為一部獨創的通俗小説,它的故事結構相當完整,人物性格鮮明,語言雖比不上《水滸傳》那樣生氣勃勃,卻也平易流暢,生動傳神。而作者作為“亡國孤臣”的悲憤心情,常常流露在小説的敍事過程中,使讀者受到感動,也增強了作品的可讀性。