小飛俠彼得潘晚上出現在倫敦肯辛頓區,在開著的窗子外聽達林太太講睡前故事。一天晚上他被發現了,在逃跑中他丟失了影子。回來找影子時,他吵醒了達林太太的女兒,溫蒂。
溫蒂幫他修好了影子。彼得發現溫蒂也知道很多故事,於是他邀請溫蒂到夢幻島來做他們這一群遺失男孩的母親。他們都是在肯辛頓公園走失的孩子。溫蒂答應了,同她的兩個弟弟,約翰和麥可一起跟著彼得潘前往了夢幻島。
在前往夢幻島的途中,他們充滿魔幻色彩的飛行遇到了許多危險。孩子們被大炮從空中打落,而由於小仙子叮叮的陷害,溫蒂差點被一個遺失男孩殺死。之後彼得和他的夥伴們為溫蒂建了一棟小房子,讓她住在裡面養傷。很快約翰和麥可也適應了遺失男孩的生活。
彼得邀請溫蒂去他在地下的家,而溫蒂也馬上習慣了母親的角色。彼得帶領著溫蒂和她的兩個弟弟進行了多次歷險,他們第一次真正遇到危險是在美人魚的礁湖。在那裡彼得和遺失男孩們救了虎蓮公主,但是也捲入了與海盜的戰爭中。他們的敵人中就有惡魔虎克船長。虎克船長抓傷了彼得。他讓溫蒂乘著風箏逃走,自己卻束手無策的躺在漲潮時的岩石上。他確定自己要死了,但是他認為死亡本身就是「一次宏大的冒險」。幸運的是,一隻鳥把自己的巢借給彼得當作小船,他回到了家。
因為彼得救了虎蓮,他得到了印第安族人的幫助,他們為彼得的家當守衛來抵抗下一次的海盜襲擊。與此同時,溫蒂愛上了彼得。彼得對於溫蒂的感情感到不解與煩躁,他說出了他的感受,卻傷害了溫蒂的感情。她決定帶著約翰和麥可回到英格蘭。然而不幸的是,虎克船長抓住了他們,並且在孩子們睡著的時候向彼得的藥里下毒。彼得不知道這些事情的發生。他睡醒以後,小仙子叮叮告訴他溫蒂他們被抓走了。為了讓溫蒂高興,彼得想喝下他的藥。叮叮來不及告訴他毒藥的事,於是她代替彼得喝下了藥。在她瀕臨死亡之時,彼得祈求到了那些仍然相信仙子存在的孩子們的同情,救活了叮叮。
彼得在前往虎克的船的途中看到了一隻會發出鐘錶一樣滴答響的鱷魚,於是他決定自己也學著鱷魚發出這種聲音,這樣路上就不會被野獸襲擊。然而他上船的時候忘記了停止發出這種聲音,結果海盜們以為是鱷魚來了。海盜們在船上搜尋鱷魚的時候,彼得潘潛入船倉偷到了鑰匙放了大家。當海盜察覺了床倉裡的聲音前來查看時,彼得就殺死他們。最後彼得輕易的打敗了虎克船長,讓他掉進了鱷魚的嘴裡,救出了所有人。然後他們乘著船回到了倫敦。
為了讓心碎的母親不再傷心,溫蒂決定回家,並將所有的遺失男孩也帶回了倫敦。在溫蒂和她的弟弟到家之前,彼得飛在了他們前面,想把窗子關上,這樣溫蒂就會以為她的母親已經忘記了她。然而當看到溫蒂的母親為了溫蒂而傷心時,他還是痛苦的飛走了,留下了一扇開著的門。之後不久他又回來了一次,見到了溫蒂的母親。她同意收養那些遺失男孩。她希望也收養彼得,但是彼得拒絕了。他怕他們會「抓住他並且把他變成一個大人」(catch him and make him a man)。同時故事中也暗示瑪麗年幼的時候也認識彼得。彼得承諾每年春天會為了溫蒂回來。故事的最後,溫蒂望向窗外,向空中說道,「你不會忘記會為我而來吧,彼得。請千萬,千萬不要忘記。」
之後他將溫蒂送回家並承諾她每年此時都會回去找她,聽她說他的故事,直到某一年,當溫蒂說他的故事時,彼得潘居然問她叮叮是誰,溫蒂驚訝於他居然忘了小仙子叮叮,並告訴他叮叮的事,但彼得潘只皺了皺眉說:「他們實在太多了,而且生命也都很短暫,我記不起來」到了後來,彼得潘有時記得回去、有時忘記,溫蒂一年年的長大,而彼得潘完全沒變,到了某一次之後彼得潘便再也沒有出現過了,但溫蒂仍然述說著彼得潘的故事,而故事也就這樣一代一代的傳下去了。(這是原本書中所寫的結局,也是原作者的本意)
當彼得還住在英國的家時,他聽見他爸媽說有一天他就會長大,但是彼得不想要長大,於是他逃家到肯辛頓公園,和仙子住在一起,之後到了夢幻島,永遠當小孩,永遠不會長大。而他有一天飛回原本在英國的家,卻發現他的爸媽已經將窗戶深鎖,而原本屬於他的床上出現了另一個小孩。